「encipher」は「en-」という接頭辞から来ており、「暗号化する」という意味の「cipher」と組み合わさっています。

「encipher」はフランス語の「chiffre」から進化し、最終的に現代英語の「encipher」になりました。

最初は「暗号に変換する」という意味で、現代でもその意味はほぼ同じです。