「incompatible」はラテン語の「incompatibilis」に由来し、「in-」は「ない」、「compatibilis」は「互換性がある」を意味しました。

「incompatibilis」はフランス語の「incompatible」に変わり、中英語を経て現代英語の「incompatible」になりました。

最初は「一緒に存在できない」という意味でしたが、この意味は現代でもほぼ同じです。