「シスジェンダー」はラテン語に由来し、特に「cis-」という接頭辞は「こちら側の」を意味し、「gender」は古フランス語の「gendre」から来ており、「種類、性別」を意味します。

「シスジェンダー」は1990年代に、出生時に割り当てられた性別と性自認が一致する個人を指すために造られました。

当初は学術的および活動家の間で「トランスジェンダー」と区別するために使用され、現代でもこの意味をほぼ保持しています。