「nonpeptidyl」は否定接頭辞「non-」（古英語'nān'「〜でない」由来）と、化学における派生語を示す接尾辞「-yl」を伴う「peptidyl」（'peptide'由来）から成る。

「peptide」はギリシャ語の語根（pept- / peptos「消化された」など）を経てニューラテン語・現代の化学命名法に入り、19世紀に接尾辞「-yl」が化学語彙で広まり「peptidyl」が形成された。20世紀に科学文献で「non-」を付して「nonpeptidyl」が用いられるようになった。

当初はギリシャ語で「消化された」に関する意味を持っていたが、やがて「アミノ酸の鎖」を指す語になり、接尾辞で派生物を表すようになった。現在では「非ペプチド性（ペプチド由来でない）」を意味する。