「biomolecule」は接頭辞「bio-」(ギリシャ語『bios』＝「生命」) と「molecule」(近代ラテン語『molecula』、ラテン語『moles』＝「質量(かさ)」の小辞) から成る。

「molecule」は近代ラテン語『molecula』やフランス語『molécule』を経て科学用語として英語に入った。「bio-」を付けることで現代科学英語で「生命に関係する分子」を示す語が作られた。

『molecule』は元々「小さな質量」を指し、やがて化学での最小単位を表す意味になった。『bio-』を付けることで意味が絞られ、現在の「生体に関係する分子」を表すようになった。